Fra alle tidsperioder, hvor egnen har været beboet, er der særligt mange spor af menneskers aktivitet i Knardrupområdet. Langs Værebro å nær Knardrup er der fundet spor fra de første jægere, der levede for 15.000 år siden, og efter dette tidspunkt dvs. fra hele jæger- og bondestenalderen, bronzealderen samt jernalderen er der mange spændende fund fra området. I tidlig middelalder, det vil sige i første halvdel af 1100 tallet byggede Hvideslægten en ejendom, hvor Knardrupgaard nu ligger. Slægten mistede ejendommen i forbindelse med mordet på Erik Glipping i Finderuplade 1286, hvor kongemagten overtog gården og dens land- og søområder. Kongen skænkede senere ejendommen til Kirken, som ombyggede gården til et cistercienserkloster. Ved reformationen 1536 overtog Kronen igen ejendommen, men gav den videre til Københavns universitet. Ejendommen mageskiftedes senere tilbage til Kronen, som nedrev klosteret omkring 1561, og brugte byggematerialerne til blandt andet opførelsen af Frederiksborg Slot. På området lå herefter landsbyen, Knardrup med sine 5 gårde. En af gårdene var Knardrupgaard. Efter en ødelæggende brand i 1957 opførtes Knardrupgaard i den form, som gården har i dag.
Vores viden baserer sig på arkæologiske enkeltfund, de historiske kilder, samt Nationalmuseets udgravninger 1919, 1936 og 1940.
Her er tale om en lokalitet, hvor historiens vingesus er markant!
Avlsgård eller Borg
I første halvdel af 1100 tallet opførte enten Skjalm Hvides søn Ebbe Skjalmsøn eller dennes søn Sune Ebbesøn den første ejendom, hvor Knardrupgaard nu ligger. Historikerne mener, at det er mest sandsynligt, at Ebbe Sjalmsøn var bygmesteren. Man mener også, at Ebbe Skjalmsøn kan være Ebbe af Bassetorp, der opførte det mægtige stentårn i Bastrup ikke langt fra Knardrup. Vandstanden i området var omkring 2,5 m højere end i dag. Selve området, hvor gården blev bygget, var derfor en stor holm på omkring 15 hektar, omgivet af vand og kun med en smal landforbindelse mod syd. Den første del af 1100 tallet var en meget urolig tid på egnen med mange krigshandlinger. Det var med god grund, at man valgte en beliggenhed, som var let at forsvare. Hverken de arkæologiske udgravninger eller de historiske kilder kan afgøre om ejendommen har været befæstet med et forsvarstårn. Men der har været god grund hertil. Ad Værebro å kunne man sejle til gården. Der er udgravet bygningsrester, som kan tolkes som kajanlæg. De historiske kilder og udgravningerne vise også, at der tidligt blev opført en romansk stenkirke som en del af ejendommen. Derfor hedder den lille sø ved Knardrupgaard, Kirkesøen.
I dag er en såkaldt rosettesten af granit, der med al sandsynlighed stammer fra kirken, indmuret i muren i Knardrupgaards stuehus.
Slægten mistede ejendommen, som blev Kongsgård
I forbindelse med mordet på kong Erik Glipping i Finderup lade 1286, blev Knardruphviderne dømt som medskyldige sammen med blandt andet Marsk Stig. Dette medførte at kong Erik Menved overtog ejendommen, som hermed bliver kongsgård.
Jonstruphviderne, som først i 1200 tallet grundlagde Jonstrup og som byggede en gård ved Søndersø, gik fri af mordsagen og bevarede deres ejendomme.
Allerede omring 1324 skiftede Knardrupejendommen atter ejerskab. Kong Christoffer den II, hvis ejerskab til gården vurderes at være en smule usikkert, skænkede ejendommen til Cisterciensermunkene i Sorøkloster. Munkene flyttede ind, men bliver kort tid efter jaget bort af adelsmanden junker Barnum Eriksen, som overtager ejendommen. Barnum var i slægt med Jonstruphviderne. Ejendommen gik dog tilbage til kronen omkring 1343, hvor kong Valdemar Atterdag fik konsolideret kongemagten. Kongen gav ejendommen tilbage til munkene i Sorø
Cistercienserkloster
Cistercienserne fra Sorø ombygger Knardrupgården og opfører et traditionelt cistercienserkloster. Klosteret fik navnet, Conventus Regalis Curiæ, eller i daglig tale, Kongsgårdens Kloster i Knardrup. De arkæologiske udgravninger viser klosterets grundplan, og stort set kun kirken mod nord er bevaret af den oprindelige ejendom. Grundplanen viser et typisk cistercienserkloster med en kirke mod nord, munkenes sovesale og samlings- og bederum mod øst. Mod syd var spisesalen det vigtigste rum, og mod vest var lægbrødrenes afdeling. I anlæggets midte lå den rektangulære klostergård som på alle sider var omgivet af en overdækket fratergang. Denne klosterindretning blev altid overholdt af cistercienserne. Det gjorde det blandt andet let at finde rundt for fremmede munke, som var på besøg. I området omkring Knardrupgaard kan man i dag finde planter, som er efterkommere af de urter og lægeplanter, som munkene indførte til området. Ellers er der i dag ingen synlige spor af klosteret. Og dog! ser man godt efter i mulvarpeskudene på stedet, er den opskudte jord fyldt med rester af munkesten, glas keramik og knoglestumper.
Universitetets ejendom og dens nedlæggelse
Efter reformationen 1536, hvor munkevæsenet stort set ophører i Danmark overgår Knardrupejendommen igen til kongen. Kronen skænker herefter klosterejendommen til Københavns universitet, som indtægtskilde for universitetet. Når der er pest i København bor professorerne i sikkerhed i klosterbygningerne. I forbindelse med et mageskifte overtager kongen igen ejendommen omkring 1561. Bygningerne nedbrydes herefter, og bygningsmaterialerne anvendes til opførelse af kongens bygværker, blandt andet Frederiksborg Slot i Hillerød.
Bondegård
Herefter opføres der en bondegård på byggetomten som en del af de fem gårde, som udgjorde Knardrup landsby, som var kongens ejendom og del af ryttergodset. I 1767 ved ryttergodsets nedlæggelse overgik Knardrupgaard som privat ejendom med arvefæsteskøde til bonden Jens Hansen med 10 tønder land. Ejendommen får gennem tiden mere og mere jord, og omkring år 1900 var ejendommen på 186 tønder land. Knardrupgaard nedbrændte 1957 og blev genopbygget i sin nuværende form på gårdens oprindelige plads.